Setelah mendaftar di SMK Penerbangan Jogjakarta kemudian calon siswa mengikuti tahapan tes antara lain tes kesehatan, tes akademik, psikotest. Setelah semuanya diikuti tahap selanjutnya adalah pengumuman. Diumumkan diterima atau tidaknya tergantung dalam pelaksanaan seleksi masuk. Setelah di terima di SMK Penerbangan Jogjakarta siswa akan mengikuti tahap yaitu MOS ( Masa Orientasi Siswa ) yang dilaksanakan 3 sampai 6 hari tergantung situasi dan kondisi. Dalam foto terlihat Kepala Sekolah sedang menyematkan tanda peserta MOS kepada siswa baru.Dalam MOS di jelaskan tentang sejarah SMK Penerbangan Jogjakarta, proses belajar mengajar, fasilitas yang ada di sekolah dan kegiatan yang wajib maupun ekstrakurikuler yang bisa diikuti. Kegiatan tersebut antara lain Aeromodelling, Sepak Bola, Bola Volley, Bola Basket, Pramuka / Saka Dirgantara, Musik.
Salah satu kegiatan yang tidak lupa di demonstrasikan adalah Aeromodelling. Karena Aeromodelling merupakan salah satu kegiatan ekstra dan juga salah satu kelebihan yang dimiliki SMK Penerbangan Jogjakarta. Dengan Aeromodelling siswa dapat mengenal lebih dalam tentang dasar – dasar ilmu kedirgantaraan misalnya saja Aerodinamika.
Di dalam ilmu Aerodinamika disebutkan atau dijelaskan bagaimana suatu pesawat terbang bisa terbang di angkasa walaupun dengan berat yang dimiliki. Dengan Aeromodelling pula banyak prestasi yang direbut oleh siswa SMK Penerbangan Jogjakarta, mulai dari tingkat Lokal maupun Nasional.